Drosophila melanogaster ribosomal DNA transcriptional repeat unit Ð complete sequence
length 8120 bp
tandem repeat_unit 1..8120 ribosomal DNA
spacer 1..864 = external transcribed spacer (ETS)
rRNA 865..2859 = small subunit ribosomal RNA (18S ribosomal RNA)
spacer 2860..3585 = internal transcribed spacer 1 (ITS1)
rRNA 3586..3708 = 5.8S ribosomal RNA
spacer 3709..3736 = internal transcribed spacer 2a (ITS2a)
rRNA 3737..3766 = 2S ribosomal RNA
spacer 3767..4151 = internal transcribed spacer 2 (ITS2)
rRNA 4152..8120 = large subunit ribosomal RNA (28S ribosomal RNA)
TATAGGTAGGCAGTGGTTGCCGACCTCGCATTGTTCGAAATATATATTTCGTATAATGATTATATTGGTTACTTATAATAAAGTATATTATTATCCGTACAAATTTGTTTCTCAGTTC
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TGTTCTGCTTTCATTGGTTTTCAGATCAAGAGGTAATGATTAATAGAAGCAGTTTGGGGGCATTAGTATTACGACGCGAGAGGTGAAATTCTTGGACCGTCGTAAGACTAACTTAAGC
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TGCTTATTGTGTTTGAATGTGTTTATGTAAGTGGAGCCGTACCTGTTGGTTTGTCCCATTATAAGGACACTAGCTTCTTAAATGGACAAATTGCGTCTAGCAATAATGAGATTGAGCA
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AATCAAAAGTTAAAATCAAAATAAAACGAAGATGGGTTTTATTTATATAGTTAGTGTGGGGCTTGGCAACCTCATAAAAAGATTTTAACATTTCTAATGTATGTTGTGCGTATTTGTG
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GGGGAAACCCTGATGGAAGACCGAAACAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAGAATTGAGTATAGGGGCGAAAGACCAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTTCCGAAGTTTCCC
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ACCTTAACTTTCTTGATATGAAGTTCAAGGTTATGATATAATGTGCCCAGTGGGCCACTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTAATGTTACGGTGCCCAAAT
TAACAACTCATGCAGATACCATGAAAGGCGTTGGTTGCTTAAAACAGCAGGACGGTGATCATGGAAGTCGAAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAAGCAACTAGCC
CTTAAAATGGATGGCGCTTAAGTTGTATACCTATACATTACCGCTAAAGTAGATGATTTATATTACTTGTGATATAAATTTTGAAACTTTAGTGAGTAGGAAGGTACAATGGTATGCG
TAGAAGTGTTTGGCGTAAGCCTGCATGGAGCTGCCATTGGTACAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATAATCGAATGAGACCTTGGAGGACTGAAGTGGAGAAGGGTTTCGTGTGAACAG
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ACCTTGAAAATTTATGGTGGGGACACGCAAACTTCTCAACAGGCCGTACCAATATCCGCAGCTGGTCTCCAAGGTGAAGAGTCTCTAGTCGATAGAATAATGTAGGTAAGGGAAGTCG
GCAAATTAGATCCGTAACTTCGGGATAAGGATTGGCTCTGAAGATTGAGATAGTCGGGCTTGATTGGGAAACAATAACATGGTTTATGTGCTCGTTCTGGGTAAATAGAGTTTCTAGC
ATTTATGTTAGTTACTTGTTCCCCGGATAGTTTAGTTACGTAGCCAATTGTGGAACTTTCTTGCTAAAATTTTTAAGAATACTATTTGGGTTAAACCAATTAGTTCTTATTAATTATA
ACGATTATCAATTAACAATCAATTCAGAACTGGCACGGACTTGGGGAATCCGACTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGTGATGGCCCTAGCGGGTGTTGACACAATGTGATTTCTGCCC
AGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAAGTAAGCGCGGGTCAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATG
GATTAACGAGATTCCTACTGTCCCTATCTACTATCTAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGAATAATTAGCGGGGAAAGAAGACCCTTTTGAGCTTGACTCTAATCTGGCAG
TGTAAGGAGACATAAGAGGTGTAGAATAAGTGGGAGATATTAGACCTCGGTTTGGTATCGTCAATGAAATACCACTACTCTTATTGTTTCCTTACTTACTTGATTAAATGGAACGTGT
ATCATTTCCTAGCCATTATACGGATATATTTATTATATCTTATGGTATTGGGTTTTGATGCAAGCTTCTTGATCAAAGTATCACGAGTTTGTTATATAATCGCAAACAAATTCTTTAA
TAAAACGATGCATTTATGTATTTTTGATTTGAAAATTTGGTATAACTCCAATTACTCAGGTATGATCCAATTCAAGGACATTGCCAGGTAGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTCT
CAAATAATAACGGAGGTGTCCCAAGGCCAGCTCAGTGCGGACAGAAACCACACATAGAGCAAAAGGGCAAATGCTGACTTGATCTCGGTGTTCAGTACACACAGGGACAGCAAAAGCT
CGGCCTATCGATCCTTTTGGTTTAAAGAGTTTTTAACAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCATAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTT
CGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAAAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCATGCAAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTAC
TAATGACAAAACGTTGTTGCGACAGCATTCCTGCGTAGTACGAGAGGAACCGCAGGTACGGACCAATGGCACAATACTTGTTCGAGCGAACAGTGGTATGACGCTACGTCCGTTGGAT
TATGCCTGAACGCCTCTAAGGTCGTATCCGTGCTGGACTGCAATGATAAATAAGGGGCAATTTGCATTGTATGGCTTCTAAACCATTTAAAGTTTATAATTTACTTTATAAACGACAA
TGGATGTGATGCCAATGTAATTTGTAACATAGTAAATTGGGAGGATCTTCGATCACCTGATGCCGCGCTAGTTACATATAAAAGCATTATTTAATACAATGACAAAGCCTAGAATCAA
TTGTAAACGACTTTTGTAACAGGCAAGGTGTTGTAAGTGGTTGAGCAGCTGCCATACTGCGATCCACTGAAGCTTATCCTTTGCTTGATGATTCGA
Differences between the consensus sequence reported here and that in Tautz et al. (1988).
position 1 difference description 2
655 a-g
1063 a-g
2034 c-d
2168 c-d *
2621 d-g
4373 #-d
5452 t-a
5445-8 tgtg-atgt
5537 g-d
5837 d-a
5860 d-g
5944 c-d
6430 g-c **
1 All numbers correspond to the consensus sequence in this figure.
2 The first nucleotide represents the consensus sequence. The second nucleotide, the Tautz et al. sequence. d = deleted nucleotide(s)
* This difference corresponded to a variant present in 1-2% of the rDNA units.
# = catttacccatagagggtgccaggcc
** This difference is present in the database in 60 reads all from the same sequencing strand, thus was considered sequencing error in this report.